Theo luật mới, hệ thống các cơ quan thanh tra được tổ chức theo hai cấp gồm Thanh tra Chính phủ và Thanh tra tỉnh, thành phố (gọi chung là Thanh tra tỉnh), không còn tổ chức các cơ quan thanh tra ở cấp bộ, cục, sở hay huyện như trước.
Ngoài ra, luật cũng quy định một số cơ quan thanh tra đặc thù gồm: Thanh tra trong Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (bao gồm Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước); Thanh tra Cơ yếu; và các cơ quan thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
So với luật hiện hành, nhiều cơ quan thanh tra cấp trung gian như thanh tra sở, thanh tra huyện, thanh tra chuyên ngành thuộc bộ, tổng cục, cục... đã bị loại bỏ, hướng đến bộ máy tinh giản hơn và tập trung vào năng lực thực hiện nhiệm vụ cốt lõi.
Luật sửa đổi thống nhất khái niệm "thanh tra", không còn phân biệt giữa thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành. Theo đó, “thanh tra là hoạt động xem xét, đánh giá, kết luận, kiến nghị xử lý đối với việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, cá nhân theo trình tự, thủ tục do pháp luật quy định”.
Đáng chú ý, chức năng của cơ quan thanh tra được mở rộng, bổ sung thêm nhiệm vụ “phòng, chống lãng phí” bên cạnh các lĩnh vực truyền thống như giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng chống tham nhũng và tiêu cực.
Luật mới cụ thể hóa nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan thanh tra trung ương và địa phương nhằm đảm bảo hiệu quả quản lý nhà nước.
Cụ thể, Thanh tra Chính phủ có quyền thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân thuộc quản lý của các bộ không có Thanh tra Bộ; thanh tra việc chấp hành pháp luật trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của những bộ này. Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng có thẩm quyền với các vụ việc phức tạp, liên quan nhiều cơ quan trung ương và địa phương.
Về phía địa phương, Thanh tra tỉnh được giao quyền thanh tra đối với các cơ quan chuyên môn, tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND cấp tỉnh, cũng như UBND cấp xã, đảm bảo tính thống nhất trong tổ chức bộ máy chính quyền.
Một điểm mới quan trọng là luật cho phép trích một phần khoản tiền thu hồi qua thanh tra thực nộp ngân sách Nhà nước để chi cho hoạt động và nâng cao năng lực cơ quan thanh tra.
Theo Chính phủ, cơ chế này đã được thực hiện ổn định từ năm 2006 đến nay và được duy trì để giúp cơ quan thanh tra có thêm nguồn lực thực hiện các nhiệm vụ đặc thù, nhất là trong xử lý các vụ việc phức tạp, liên quan đến hành vi vi phạm pháp luật, tham nhũng, tiêu cực.
Việc sử dụng kinh phí được thực hiện theo định mức, tiêu chuẩn, chế độ chi tiêu hiện hành, thông qua kiểm soát chi qua Kho bạc Nhà nước và kiểm toán công khai.
